在一个繁华都市中，名为“黑衣人”的神秘组织再度活跃，他们专门处理与外星文明相关的事件和威胁。然而，这次不仅仅是地外生命的威胁，黑衣人的内部也出现了裂痕，一支叛变的小队试图利用先进科技将人类历史改写。年轻的新晋特工艾莉森被派去潜入叛变小队，揭露阴谋，同时她必须面对自己与过去的关联：她失踪已久的父亲竟是叛变小队的头目。在紧张的追逐和惊险的对抗中，艾莉森逐渐揭开了黑衣人组织鲜为人知的真相，并做出艰难选择——究竟是捍卫地球的安危，还是拯救父亲与自我。通过巧妙的布局和激烈的对抗，影片在展现先进科技和宇宙探索的同时，也探寻了道德抉择与人类情感的深层次影响。