在《搜神记第二部》中，故事聚焦于一座失落已久的古老神殿，再次面临神秘力量的觉醒。年轻的考古学家叶霓在破解一块古朴的石碑后，意外连接到一个充满神秘色彩的远古世界，得知神殿封存着一位邪神的灵魂。与此同时，觉察到神灵苏醒的迹象后，一支秘机构成的伪装探险队也悄然行动，欲将神灵力量据为己有。为了保住人类的未来，叶霓与一群能力各异的伙伴组成了“搜神小队”，在穿越险象环生的异空间时空、预言中的末日危机、以及仇敌的重重诡计之间，与时间赛跑，将神灵再次封印。而最终一场揭示人类与神灵之间关系的终极决战，将历经千年的秘密展现在世人面前，震撼中揭示着恒古久远的警示：科技与欲望如若不加节制，终将令人自食恶果。