在《秘密入侵第二集》中，地球面临更加复杂和神秘的威胁：一些来自外星的间谍已经成功潜伏在各国政府的高层，他们具备改变形态和思想操控的超能力。特工艾莉森因上次任务的优秀表现被召回，这次她必须组建一个精英团队，分头行事以追踪这些外星间谍的行踪，并破解他们的计划。艾莉森和她的团队成员每个人都有自己的个人秘密和动机，团队中的信任度受到考验。与此同时，隐藏在异形间谍中的一位背叛者试图与人类合作，解开一场早已策划几千年的阴谋。随着故事的发展，艾莉森逐渐接近真相，也发现这场入侵不仅仅是为了征服地球，它与人类起源史有着惊人的联系。最终，艾莉森将面临一个艰难的选择：是为了大局牺牲少数人，还是尝试一条未知的拯救之路。